Tassellazione di voronoi per microscopia ottica a super-risoluzione

16_05_fascettaI sentieri del nostro erratico viaggio tra le tecniche della��imaging biomedico a volte si incrociano. Tempo fa, a proposito di mappe epidemiologiche, siamo tornati a parlare di tassellazione di Voronoi (ricordiamo che, dato un insieme di elementi, questa tassellazione A? la partizione del piano che raggruppa i punti piA? vicini a un dato elemento piuttosto che a tutti gli altri). Recentemente abbiamo ripetutamente presentato anche tecniche di microscopia ottica che permettono di localizzare singole molecole con precisione molto superiore a quella della microscopia ottica tradizionale. Le immagini di questo numero partono dalle coordinate dei punti in cui il fluorocromo fotoattivabile A? stato localizzato con la tecnica PALM. Le tassellazioni di Voronoi, visualizzando la densitA� dei punti in cui sono state localizzate le singole molecole, permettono di riconoscerne e misurarne le aggregazioni con accresciuta precisione.

Tassellazioni ottenute, a partire da insiemi di dati rilevati con un microscopio a super-risoluzione PALM (Photo Activated Light Microscopy), con SR-Tesseller. Questo programma open-source A? stato realizzato da Florian Levet e Jean-Baptiste Sibarita (Team Quantitative Imaging of the Cell, Interdisciplinary Institute for Neuroscience CNRS, UniversitA� di Bordeaux) per quantificare, segmentare e visualizzare a diverse scale gli aggregati molecolari localizzati al micorscopio. Le immagini presentano diversi ingrandimenti e colorazioni della tassellazione ottenibile dalle coordinate della localizzazione al microscopio di GluA1-mEOS2 (una molecola composta da una subunitA� del recettore del glutammato combinata con una proteina fluorescente fotoattivabile) espressa da un neurone in coltura. L'immagine in bianco rosso e nero visualizza le distanze tra 23.931 localizzazioni della molecola. Oltre alla visualizzazione degli aggregati, la segmentazione automatica permette di rilevare ed evidenziare anche il contorno della cellula e i diversi livelli di densitA�. La tecnica A? stata presentata nella��articolo di Florian Levet et al. SR-Tesseler: a method to segment and quantify localization-based super-resolution microscopy data apparso su a�?Nature Methodsa�? nel settembre 2015.

Tassellazioni ottenute, a partire da insiemi di dati rilevati con un microscopio a super-risoluzione PALM (Photo Activated Light Microscopy), con SR-Tesseller. Questo programma open-source A? stato realizzato da Florian Levet e Jean-Baptiste Sibarita (Team Quantitative Imaging of the Cell, Interdisciplinary Institute for Neuroscience CNRS, UniversitA� di Bordeaux) per quantificare, segmentare e visualizzare a diverse scale gli aggregati molecolari localizzati al micorscopio. Le immagini presentano diversi ingrandimenti e colorazioni della tassellazione ottenibile dalle coordinate della localizzazione al microscopio di GluA1-mEOS2 (una molecola composta da una subunitA� del recettore del glutammato combinata con una proteina fluorescente fotoattivabile) espressa da un neurone in coltura. L’immagine in bianco rosso e nero visualizza le distanze tra 23.931 localizzazioni della molecola. Oltre alla visualizzazione degli aggregati, la segmentazione automatica permette di rilevare ed evidenziare anche il contorno della cellula e i diversi livelli di densitA�. La tecnica A? stata presentata nella��articolo di Florian Levet et al. SR-Tesseler: a method to segment and quantify localization-based super-resolution microscopy data apparso su a�?Nature Methodsa�? nel settembre 2015.

2017-11-30T19:25:54+00:00 sabato 14 maggio 2016|Categories: cartoline dalla scienza|Tags: , , , |

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